肝内胆管结石的治疗需根据具体病情而定。一般来说，无症状的肝内胆管结石可定期观察，而有症状或出现并发症时可能需要手术等治疗方式。
观察随访情况
对于一些没有明显症状的肝内胆管结石患者，医生可能会建议定期进行超声检查等随访。通常建议每6~12个月进行一次腹部超声复查，通过超声观察结石的大小、位置以及肝脏等相关情况有无变化。如果结石一直没有引起明显不适且病情稳定，可以继续定期随访。
手术治疗情况
手术适应证
当肝内胆管结石引起反复胆管炎、胆管梗阻导致肝功能损害等情况时，往往需要手术治疗。比如结石导致胆管狭窄、反复出现发热、腹痛等胆管炎症状，或者影响到肝脏局部组织，出现肝萎缩等情况，就需要考虑手术干预。
手术方式
常见的手术方式有胆管切开取石术，通过手术切开胆管，取出结石。还有肝部分切除术，如果结石所在的肝脏局部已经发生严重病变，如肝萎缩、纤维化等，可能需要切除病变的部分肝脏。另外，对于一些复杂的情况，可能还会采用胆肠吻合术等，重建胆汁引流通道。
药物辅助治疗情况
缓解症状药物
在治疗过程中，对于伴有胆管炎出现腹痛、发热等症状的患者，可能会使用抗生素来控制感染，常用的有头孢类抗生素等。如果疼痛较明显，会使用止痛药物，如非甾体类抗炎镇痛药等缓解疼痛症状。但药物治疗主要是缓解症状，不能从根本上去除结石。
排石相关药物
目前并没有特效的口服药物能完全排出肝内胆管结石，但一些具有利胆作用的药物可能会辅助胆汁排泄，帮助减少结石相关的不良影响，不过其排石效果有限，不能替代手术等主要治疗手段。