乳头先天性内陷主要是由乳腺发育异常导致的。胚胎发育时，乳腺导管、平滑肌等结构发育异常，就可能引发乳头先天性内陷。一般来说，这种情况有以下几方面原因。
胚胎发育因素
乳腺导管发育异常： 在胚胎时期，乳腺导管的正常生长和分化出现问题，导致导管短缩，并且组织纤维牵拉乳头，使得乳头不能正常突出。比如，胚胎发育到一定阶段时，乳腺导管的延伸受阻，就可能引发内陷情况。平滑肌发育异常： 乳头部位的平滑肌发育不正常，正常的平滑肌能够维持乳头的正常挺立状态，当平滑肌发育异常时，就无法很好地支撑乳头，导致乳头内陷。
遗传因素影响
家族遗传倾向： 如果家族中有乳头先天性内陷的遗传史，那么后代出现乳头先天性内陷的概率会相对较高。研究发现，约有一定比例的乳头内陷患者存在家族遗传背景，这种遗传可能通过基因传递，使得后代在胚胎发育时出现乳头相关结构发育异常的情况。
乳房发育相关因素
乳房组织发育不良： 青春期乳房发育过程中，如果乳房组织发育不良，乳腺导管、纤维组织等发育不完善，就容易牵拉乳头导致内陷。例如，乳房内部的支撑结构发育欠佳，无法将乳头正常撑起，从而出现内陷现象。胸罩佩戴不当： 虽然先天性内陷主要是先天因素，但如果在青春期乳房发育阶段，过早佩戴过于紧身、不合适的胸罩，也可能对乳头的正常发育产生影响，加重内陷情况。不过这属于后天因素对先天已存在发育异常的进一步影响，本质上先天发育异常是基础。