孩子出现不自主摇头可能是多种疾病导致的，主要包括头部湿疹、维生素D缺乏性佝偻病、抽动症等。
一、头部湿疹：当孩子头部有湿疹时，会有较多皮疹出现，同时伴有显著的瘙痒、疼痛感觉，这会使孩子不由自主地摇头，主要目的是通过摇头来减轻瘙痒不适。
二、维生素D缺乏性佝偻病：如果家长没有重视给孩子合理补充维生素D和钙剂，引发维生素D缺乏性佝偻病，使得神经兴奋性增高，就可能表现出不自主摇头的现象，还往往伴有多汗、睡眠易醒、枕秃等情况。
三、抽动症：这是一种抽动障碍性疾病，若孩子患有抽动症，会有不自主摇头的表现，还可能伴有歪嘴、撅嘴、频繁眨眼等症状。
孩子不自主摇头还可能由其他疾病引起，若伴有明显不适，应尽早去医院，在明确诱因后，由医生指导进行治疗。
总之，孩子不自主摇头的原因较多，一旦发现这种情况且伴有不适，需及时就医查找原因并进行针对性处理。