儿童智力低下的原因较多，其中遗传因素是常见原因之一，约10%的智力低下儿童是由遗传因素导致，比如某些染色体异常疾病，像21-三体综合征（唐氏综合征），患儿染色体多了一条21号染色体，就会出现智力低下、特殊面容等表现。
一、先天性因素
孕期感染： 孕妇在妊娠早期如果感染风疹病毒、巨细胞病毒等，约有10% - 20%的胎儿会出现智力低下等问题。这些病毒可通过胎盘影响胎儿的神经系统发育。孕期接触有害物质： 孕妇长期接触铅、汞等重金属，或者处于放射性环境中，会增加胎儿智力低下的风险。比如长期生活在铅污染环境中的孕妇，胎儿发生智力发育障碍的概率会升高。
二、分娩过程因素
早产与低出生体重： 早产儿（胎龄小于37周）和低出生体重儿（出生体重小于2500克）发生智力低下的几率比足月儿高很多。大约有15%的早产儿可能存在不同程度的智力问题，低出生体重儿中约10% - 15%会出现智力低下。产程过长或难产： 分娩过程中如果出现产程过长、胎儿窒息缺氧时间过长等情况，会导致胎儿脑部缺氧缺血，影响神经系统发育，进而引发智力低下。一般胎儿窒息超过5分钟，就会明显增加智力受损的可能性。
三、出生后因素
脑部感染： 儿童在出生后如果患上脑炎、脑膜炎等脑部感染性疾病，没有得到及时有效的治疗，也容易出现智力低下。例如化脓性脑膜炎，如果治疗不及时，约30% - 60%的患儿会遗留智力低下等后遗症。脑部外伤： 儿童头部受到严重外伤，导致颅内出血、脑挫裂伤等，会影响脑部功能，从而引起智力低下。比如车祸导致头部受伤的儿童，若脑部损伤严重，就可能出现智力水平下降的情况。营养不良： 婴幼儿时期长期营养不良，尤其是缺乏蛋白质、维生素B12、叶酸等营养物质，会影响神经系统的发育，导致智力低下。有研究表明，长期营养不良的儿童智力发育商数比正常儿童低10 - 15分。