慢性胃窦炎目前并没有所谓的“特效药”，但可以通过一些药物来缓解症状、治疗相关病因。一般会用到抑制胃酸分泌的药物，比如质子泵抑制剂，像奥美拉唑，它能有效减少胃酸分泌，缓解胃窦炎引起的反酸、烧心等症状；还有H₂受体拮抗剂，如雷尼替丁，也可起到抑制胃酸的作用。
抑制胃酸分泌药物
质子泵抑制剂： 像奥美拉唑，能特异性地作用于胃黏膜壁细胞，抑制胃酸分泌的最后步骤，从而减少胃酸对胃窦黏膜的刺激，一般来说对缓解胃窦炎导致的不适有较好效果。H₂受体拮抗剂： 雷尼替丁可选择性地竞争结合胃壁细胞上的H₂受体，使胃酸分泌减少，常用于缓解胃窦炎相关的胃酸过多症状。
保护胃黏膜药物
铝碳酸镁： 它可以中和胃酸，还能在胃黏膜表面形成一层保护膜，防止胃酸、胆汁等对胃窦黏膜的损伤，起到保护胃黏膜的作用，有助于胃窦炎黏膜的修复。硫糖铝： 口服后能在胃内形成保护膜，附着于胃窦黏膜表面，抵御胃酸等的侵蚀，促进胃黏膜的再生和修复。
根除幽门螺杆菌药物
如果慢性胃窦炎是由幽门螺杆菌感染引起的，就需要进行根除幽门螺杆菌治疗。通常采用联合用药方案，比如质子泵抑制剂（如奥美拉唑）+铋剂（如枸橼酸铋钾）+两种抗生素（如阿莫西林、克拉霉素）。不过具体的用药组合要根据患者的个体情况、药物过敏史等由医生来制定，因为不同患者适用的抗生素可能不同，而且要严格按照疗程用药，才能有效根除幽门螺杆菌，进而改善胃窦炎的状况。
注意事项
对于一些特殊人群，比如老年人，在使用这些药物时要更谨慎，因为老年人可能存在肝肾功能减退等情况，药物代谢会受到影响，需要医生根据实际情况调整剂量等；孕妇和哺乳期女性使用相关药物时也需要咨询医生，评估药物对胎儿或婴儿的影响后再决定是否使用及选择合适的药物。同时，在用药过程中要注意观察自身症状的变化，如果用药后症状没有缓解甚至加重，要及时就医调整治疗方案。