霉菌性阴道炎主要通过抗真菌药物治疗，一般7-14天为一个疗程。
药物治疗选择
局部用药：克霉唑制剂是常用的局部药物，如克霉唑栓，每晚1粒（150mg），连用7日；或每日早、晚各1粒（100mg），连用3日。咪康唑栓剂也是常见选择，硝酸咪康唑栓每晚1粒（200mg），连用7日；或每晚1粒（400mg），连用3日；或1粒（1200mg）单次使用。全身用药：对于不能耐受局部用药、未婚女性及不愿采用局部用药者，可选用口服药物。氟康唑是常用药物，150mg单次口服即可。
生活习惯调整
保持外阴清洁干燥：每天用温水清洗外阴，保持外阴清洁。清洗时要注意由前向后冲洗，避免将肛门处的细菌带到阴道。清洗用具要专人专用，避免交叉感染。勤换内裤：内裤要选择棉质、宽松的款式，每天更换，洗净后最好在阳光下暴晒，利用紫外线杀菌。换洗的内裤不要放在阴暗潮湿的地方晾干，以防滋生霉菌。避免滥用抗生素：长期大量使用抗生素会破坏阴道内正常的菌群平衡，容易诱发霉菌性阴道炎。所以在使用抗生素时要严格遵医嘱，不要自行增减药量或延长用药时间。如果必须使用抗生素，可在医生指导下同时使用一些调节阴道菌群的药物。
性伴侣治疗
男性伴侣：男性感染霉菌后通常无症状，但可能成为传染源，所以建议男性伴侣同时进行检查和治疗。如果男性有症状，需要使用抗真菌药物治疗，如外用克霉唑乳膏等。如果男性无症状，也可口服氟康唑150mg进行预防。避免交叉感染：在霉菌性阴道炎治疗期间应避免性生活，或使用安全套，防止夫妻双方互相传染，导致病情反复。
特殊人群注意事项
妊娠期女性：妊娠期霉菌性阴道炎的治疗以局部用药为主，尽量避免全身用药。可选用克霉唑栓、硝酸咪康唑栓等局部抗真菌药物，以7日疗法为宜，治疗时要注意动作轻柔，避免引起流产等不良后果。同时要注意保持外阴清洁，严格按照医生的嘱咐进行治疗。糖尿病患者：糖尿病患者由于血糖控制不佳，阴道内糖原含量升高，有利于霉菌生长繁殖，容易反复发生霉菌性阴道炎。这类患者除了积极治疗阴道炎外，还要严格控制血糖，将血糖控制在正常范围内，才能减少霉菌性阴道炎的复发。可通过饮食控制、适当运动和药物治疗等综合方法来控制血糖。