灰指甲的治疗可以采用外用药物与口服药物等方法，一般来说，外用抗真菌药物治疗灰指甲，疗程可能较长，而口服抗真菌药物相对见效快些，但需注意药物的副作用等情况。比如外用药物中，30%冰醋酸溶液可用于局部涂抹，不过需要坚持使用数月；口服药物常用的有伊曲康唑，它是一种广谱抗真菌药，通过抑制真菌细胞色素P450酶系统，影响真菌细胞膜合成，从而发挥抗真菌作用，但使用前需评估肝功能等。
外用药物治疗
局部涂抹类： 30%冰醋酸溶液是常用的外用药物之一，需要每天多次涂抹病甲部位，不过这个过程比较耗时，一般需要连续使用3 - 6个月才能看到较好的效果。而且在涂抹时要注意避免接触周围正常皮肤，防止造成刺激。指甲油型抗真菌剂： 像一些含有阿莫罗芬成分的指甲油型抗真菌剂，每周使用1 - 2次即可，但同样需要坚持使用较长时间，通常也需要几个月才能治愈灰指甲，它的优点是使用相对方便，外观上类似指甲油，对指甲的美观影响较小。
口服药物治疗
伊曲康唑： 它是一种口服的抗真菌药物，采用冲击疗法，即服用1周，停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它通过干扰真菌细胞的代谢过程来发挥杀菌作用，但在使用前需要检查肝功能，因为它可能会对肝功能有一定影响，有肝病病史的患者要谨慎使用。特比萘芬： 也是口服抗真菌药，一般是每天服用一次，连续服用的时间相对较短，如指甲灰指甲一般需要连续服用6 - 12周，趾甲灰指甲可能需要连续服用12 - 16周。不过同样需要关注肝功能情况，在用药过程中如果出现乏力、食欲不振等可能与肝功能异常相关的症状，要及时就医检查。
手术拔甲治疗
适用情况： 对于单发的灰指甲，病情比较严重，其他治疗方法效果不佳时可以考虑手术拔甲。不过手术拔甲创伤相对较大，术后需要一段时间来恢复，而且术后要注意预防感染，一般术后伤口需要定期换药等处理，并且在拔甲后还需要配合抗真菌药物治疗，防止新长出来的指甲再次感染真菌。术后注意： 术后要保持患甲部位的清洁干燥，避免沾水，按照医生的要求按时换药，一般术后1 - 2周伤口初步愈合，但完全恢复可能需要几个月时间，在恢复期间要避免剧烈运动等导致患甲部位受到碰撞等情况。