角膜溃疡的用药需根据病因来选择，常见的有细菌性角膜溃疡、真菌性角膜溃疡、病毒性角膜溃疡等。一般来说，细菌性角膜溃疡常用抗生素类药物，比如左氧氟沙星滴眼液、妥布霉素滴眼液等；真菌性角膜溃疡常用抗真菌药物，像那他霉素滴眼液、氟康唑滴眼液等；病毒性角膜溃疡常用抗病毒药物，例如更昔洛韦滴眼液、阿昔洛韦滴眼液等。通常需要及时就医明确病因后，在医生指导下选用合适药物，没有绝对说哪种药最好，关键是要对症。
细菌性角膜溃疡用药
左氧氟沙星滴眼液： 属于喹诺酮类抗生素，通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用，可用于敏感菌引起的细菌性角膜溃疡。妥布霉素滴眼液： 对革兰阴性菌及阳性菌都有抗菌活性，能抑制细菌蛋白质合成，适用于由敏感细菌所致的细菌性角膜溃疡。
真菌性角膜溃疡用药
那他霉素滴眼液： 是一种多烯类抗真菌药，通过与真菌细胞膜中的固醇结合，改变细胞膜的通透性，导致细胞内重要物质外漏，从而抑制真菌生长，常用于真菌性角膜溃疡的治疗。氟康唑滴眼液： 属于三唑类抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌细胞膜的通透性，对真菌性角膜溃疡有一定疗效。
病毒性角膜溃疡用药
更昔洛韦滴眼液： 为合成的核苷类抗病毒药，可抑制疱疹病毒DNA合成，对单纯疱疹病毒性角膜炎等病毒性角膜溃疡有治疗作用。阿昔洛韦滴眼液： 能干扰病毒DNA多聚酶，抑制病毒的复制，用于单纯疱疹病毒性角膜炎等病毒性角膜溃疡的治疗。在使用这些药物治疗角膜溃疡时，都需要注意，用药前要清洁双手，避免污染药物。同时，要严格按照医生的嘱咐用药，不能自行增减药量或停药。而且，不同病因引起的角膜溃疡，治疗疗程和药物选择可能不同，比如细菌性角膜溃疡一般需要较长时间用药来彻底控制感染，真菌性角膜溃疡用药时间可能相对更久，病毒性角膜溃疡也需要规范用药以防止复发等情况发生。另外，对于儿童患者，使用这些药物时要格外谨慎，需在医生指导下权衡利弊后使用，因为儿童的眼部组织发育尚未完全成熟，药物的不良反应可能对儿童产生特殊影响。