两个月小孩咳嗽有痰能否自愈，需要根据具体情况来判断。以下是一些可能的情况：
1.免疫系统不完善：两个月大的婴儿免疫系统尚未完全发育，可能无法有效抵抗感染。咳嗽有痰可能是呼吸道感染的表现，如感冒、肺炎等。在这种情况下，自愈的可能性较小，需要及时就医并接受治疗。
2.呼吸道结构问题：婴儿的呼吸道相对狭窄，容易受到刺激和感染。某些呼吸道结构问题，如先天性喉喘鸣、气管食管瘘等，也可能导致咳嗽有痰。这些问题可能需要专业的医疗干预来解决。
3.其他健康问题：除了呼吸道感染，婴儿还可能存在其他健康问题，如心脏疾病、过敏等，这些问题也可能导致咳嗽有痰。对于这些情况，自愈的可能性较低，需要进一步的检查和治疗。
4.护理和观察：在等待就医或治疗的过程中，可以采取一些措施来帮助婴儿缓解咳嗽和祛痰。例如，保持室内空气湿润、适当拍背帮助痰液排出、确保婴儿充足的水分摄入等。
需要注意的是，每个婴儿的情况都是独特的，如果对婴儿的咳嗽有痰情况感到担忧，最好咨询医生的意见。医生会根据具体情况进行评估，并提供适当的建议和治疗方案。此外，如果婴儿出现呼吸急促、喘息、发热等症状加重的情况，应立即就医。早期诊断和治疗可以提高婴儿的治愈率，减少并发症的风险。同时，家长也应该密切观察婴儿的情况，确保其得到适当的护理和照顾。