疗效个体差异大
不同患者对中药治疗甲亢的反应存在差异，部分患者可能服药后症状改善不明显，这与个体的体质、病情严重程度等多种因素有关，因个体差异导致疗效难以精准把控。
作用机制不明确
目前对于中药治疗甲亢具体通过何种精确的作用机制来调节甲状腺功能等尚不清楚，缺乏清晰的科学阐释其发挥药效的路径。
疗程把控较模糊
中药治疗甲亢的疗程没有非常明确统一的标准，过长或过短的疗程可能影响治疗效果，且难以依据统一规范来确定合适的用药时长。
可能存在药物相互作用风险
若同时服用其他药物，中药药方有可能与其他药物发生相互作用，虽然具体情况因药方和联用药物不同而异，但这是需要关注的潜在问题，尤其对于同时患有其他疾病需多药联用的患者。
特殊人群需谨慎
对于孕妇、儿童等特殊人群，中药治疗甲亢的安全性和适用性有待进一步严谨评估，孕妇使用可能影响胎儿，儿童由于生理特点更需谨慎考量，其对中药的耐受及反应与成人不同，需格外留意用药风险。