肾结石的形成与多种因素相关，其中尿液中某些物质浓度过高是关键。一般来说，肾结石的原因主要有以下几方面：
代谢异常方面
尿液成分改变： 当尿液中钙、草酸、尿酸、胱氨酸等物质浓度过高时，就容易形成结石。比如，尿钙排泄增加，就会使尿液中钙的含量升高，超过尿液的溶解度，钙就可能结晶析出形成结石。据统计，约有60%的肾结石患者存在钙代谢异常的情况。尿酸代谢紊乱： 体内尿酸生成过多或尿酸排泄减少，会导致血尿酸升高，尿酸经尿液排出时，若尿液pH值偏低，尿酸就容易形成结晶，进而发展为尿酸结石。
局部因素方面
尿路梗阻： 当尿路存在狭窄、肿瘤等情况时，会导致尿液排出受阻，尿液在肾脏内滞留，使尿液中的晶体物质更容易沉积下来形成结石。例如，输尿管狭窄的患者，尿液通过不畅，就增加了肾结石形成的风险。尿路感染： 一些细菌、病毒等病原体感染尿路后，细菌可以作为结石形成的核心，促使尿液中的晶体附着聚集，从而形成结石。比如，变形杆菌感染时，能分解尿素产生氨，使尿液pH值升高，促使磷酸镁铵和磷酸钙沉积形成结石。
生活方式方面
饮水不足： 如果每天饮水量少于1500毫升，尿液就会浓缩，尿液中晶体物质的浓度相对升高，更容易析出形成结石。建议肾结石患者每天饮水量应达到2000 - 3000毫升以上，以稀释尿液，减少结石形成风险。饮食不当： 长期高钙、高草酸、高嘌呤饮食也易引发肾结石。高钙饮食如过多摄入牛奶等，会使尿液中钙含量增加；高草酸饮食如大量食用菠菜、苋菜、巧克力等，草酸摄入过多，在体内与钙结合形成草酸钙结石；高嘌呤饮食如经常吃动物内脏、海鲜等，会使尿酸生成增多，增加尿酸结石形成的可能。