肛瘘手术复发率不是96%以上。一般来说，肛瘘手术的复发率受到多种因素影响，传统肛瘘手术的复发率相对较高，但也并非达到96%以上。通常在规范的手术操作以及患者配合治疗等情况下，复发率会降低。
影响肛瘘手术复发的因素一：肛瘘的复杂程度
单纯性肛瘘： 这类肛瘘相对简单，手术复发率相对较低。单纯性肛瘘通常只有一个瘘管和内口，手术相对容易准确找到内口并处理瘘管，术后复发风险相对小一些。复杂性肛瘘： 复杂性肛瘘包含多个瘘管、多个内口等情况，手术中要完全清除所有病变组织难度较大，相对单纯性肛瘘复发率会高一些，但也不是高达96%以上。
影响肛瘘手术复发的因素二：手术方式选择
传统切除术： 如果手术中没有完全切除干净肛瘘的病灶，就容易导致复发。但现在规范的传统切除术也会尽量精准操作来降低复发可能。挂线疗法： 挂线疗法对于部分肛瘘有较好效果，它是利用橡皮筋缓慢切割的原理，相对复发率也在可控范围，并非极高。
影响肛瘘手术复发的因素三：术后护理情况
伤口感染： 术后如果伤口发生感染，会影响伤口愈合，增加复发风险。比如术后没有保持肛门局部清洁，大便污染伤口等都可能导致感染。排便异常： 若患者术后出现腹泻或者便秘等情况，也会影响肛瘘手术的恢复，增加复发几率。长期腹泻会刺激肛门局部，不利于伤口愈合；便秘时用力排便会增加肛门局部压力，影响手术效果。