肛瘘手术复发率并非简单的96%以上这么绝对，不过肛瘘手术确实存在一定复发风险。一般来说，肛瘘手术的复发受到多种因素影响。
复发相关因素一：肛瘘类型影响
简单肛瘘相对复发低： 单纯性低位肛瘘，手术相对容易精准处理，复发几率相对低一些。因为其瘘管结构相对简单，手术能较彻底地清除病变组织。复杂性肛瘘复发风险高： 复杂性肛瘘，比如有多条瘘管、瘘管位置较复杂的情况，复发率往往会增高。这类肛瘘病变范围广，手术中完全清除病变组织的难度大，所以复发可能性增加。
复发相关因素二：手术方式影响
传统手术复发情况： 传统的肛瘘切开术等，若手术操作时对肛瘘的解剖结构把握不准确，可能导致复发。传统手术有时难以完全清晰地分辨瘘管走向，容易残留部分病变组织，从而增加复发几率。微创术式的优势与局限： 现在一些微创术式相对复发率有所降低，但也不是绝对安全。比如肛瘘镜下手术等微创方式，虽然创伤小，但如果术者经验不足，对肛瘘内部精细结构处理不当，也可能出现复发情况。
复发相关因素三：术后护理影响
术后感染导致复发： 肛瘘手术后如果护理不当发生感染，会影响伤口愈合，进而增加复发风险。术后伤口需要保持清洁，若患者不注意局部卫生，或者出现其他原因导致伤口感染，就可能引发复发。排便异常影响： 术后如果患者存在便秘或者腹泻等排便异常情况，也会影响肛瘘手术伤口的恢复，增加复发可能。便秘时排便用力会牵拉伤口，腹泻则容易刺激伤口，不利于伤口愈合，容易让肛瘘复发。