毛囊炎是毛囊部位发生的炎症，治疗毛囊炎有效的药物有多种，一般局部外用药物较为常用，比如2%莫匹罗星软膏，通常涂抹后能在数天内改善症状。
外用抗生素类药物
莫匹罗星软膏： 这是常用的外用抗生素，适用于革兰阳性球菌引起的毛囊炎。它能抑制细菌蛋白质的合成，从而发挥杀菌作用。一般每天涂抹2 - 3次，局部涂抹后可能在1 - 2天内看到炎症减轻的迹象，但要注意，对莫匹罗星过敏者禁用。夫西地酸乳膏： 对引起毛囊炎的常见细菌，如金黄色葡萄球菌等有较好的抗菌活性。用法是适量涂于患处，一天2 - 3次，使用时要避免接触眼睛、口、鼻等黏膜部位。
抗真菌类药物
酮康唑乳膏： 如果毛囊炎是由真菌感染引起的，比如马拉色菌感染导致的毛囊炎，酮康唑乳膏就比较有效。它能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，影响真菌的生长。一般每天外用1 - 2次，连续使用数天，孕妇及哺乳期妇女应在医生指导下使用。特比萘芬乳膏： 同样用于真菌感染引起的毛囊炎，通过抑制真菌角鲨烯环氧化酶，干扰真菌细胞壁的合成。使用方法是局部涂抹，一天1次，儿童使用时需谨慎，最好在医生指导下应用。
中药类外用药
金黄膏： 这是一种中药外用制剂，具有清热解毒、消肿止痛的作用。将金黄膏涂敷在毛囊炎患处，能起到减轻红肿、疼痛的效果，一般每天敷1 - 2次，孕妇慎用。鱼石脂软膏： 有温和的刺激性，可消肿、促进脓肿成熟。使用时涂抹在患处，一天1 - 2次，对鱼石脂过敏者禁用，皮肤破溃处不宜使用。