肠道菌群紊乱会引发多种症状。据相关研究，约有超过30%的肠道菌群紊乱患者会出现消化系统方面的不适。
消化系统症状
腹痛： 肠道菌群紊乱可能导致肠道蠕动异常，进而引起腹痛，这种腹痛没有固定的规律，可能是隐痛、胀痛等。腹泻或便秘： 一部分患者会出现腹泻，每天排便次数可能达到3次以上，粪便性状稀薄；而另一部分患者则会出现便秘，排便困难，间隔时间延长。
全身症状
疲劳乏力： 肠道菌群紊乱会影响营养物质的吸收，身体得不到充足的能量供应，就容易出现疲劳乏力的感觉，这种乏力感持续时间较长，休息后也难以完全缓解。免疫力下降： 肠道是人体重要的免疫器官，肠道菌群紊乱会使免疫力降低，更容易受到病菌的侵袭，比如感冒等疾病的发生频率可能会增加。
情绪与心理症状
焦虑抑郁： 肠道和大脑之间存在肠 - 脑轴，肠道菌群紊乱会影响神经递质的合成和传递，从而导致情绪方面的变化，出现焦虑、抑郁等情绪问题。有研究发现，约20% - 30%的肠道菌群紊乱患者会伴有不同程度的焦虑或抑郁情绪。睡眠障碍： 肠道菌群紊乱可能干扰正常的生物钟，影响睡眠质量，导致入睡困难、多梦、易醒等睡眠障碍问题。
其他症状
皮肤问题： 部分肠道菌群紊乱患者会出现皮肤问题，比如痤疮、湿疹等。这是因为肠道菌群紊乱影响了身体的代谢和免疫功能，进而反映到皮肤上。体重变化： 肠道菌群紊乱会影响食物的消化和吸收，可能导致体重出现异常变化，要么体重减轻，要么体重增加。