肠道菌群紊乱可能出现多种症状。一般来说，约30% - 40%的肠道菌群紊乱患者会有消化不良的表现，比如腹胀，这是因为肠道菌群失调影响了食物的正常消化吸收过程，患者会感觉腹部胀满不适；还可能出现腹痛，疼痛程度和性质因人而异，有的是隐痛，有的可能较为剧烈。
消化功能方面的症状
腹胀： 肠道菌群紊乱时，有益菌数量减少，有害菌等异常增多，会影响食物的发酵等过程，产生过多气体，导致腹胀。通常这种腹胀在进食后可能会加重。腹泻或便秘： 一部分肠道菌群紊乱的人会出现腹泻，每天排便次数可能增多，粪便性状稀溏；而另一部分人则会出现便秘，排便困难，间隔时间延长。例如，有的患者可能连续几天无法正常排便，粪便干结。
全身方面的症状
免疫力下降相关表现： 肠道菌群与人体免疫力密切相关，菌群紊乱可能导致免疫力下降，从而容易反复感冒，相比菌群正常的人，肠道菌群紊乱者一年中感冒的次数可能会增加2 - 3次。还可能出现皮肤问题，如湿疹等，因为肠道菌群异常会影响身体的免疫调节，进而波及皮肤。情绪异常： 有研究发现，肠道菌群和大脑之间存在“肠 - 脑轴”，肠道菌群紊乱可能影响神经递质的合成等，导致情绪异常，比如容易出现焦虑、抑郁情绪，约20% - 30%的肠道菌群紊乱患者会有不同程度的情绪改变。
营养吸收相关症状
营养不良表现： 肠道菌群参与营养物质的吸收，菌群紊乱会影响维生素、矿物质等的吸收。长期菌群紊乱可能导致患者出现消瘦，体重在短时间内下降，比如1 - 3个月内体重下降3 - 5公斤；还可能出现贫血，因为铁等营养物质吸收受影响，导致血红蛋白合成减少。