巧克力囊肿的诊断通常需要以下几种检查：妇科内诊、影像学检查、血液化验、腹腔镜检查。
一、妇科内诊：能够明确阴道内的状况，包括子宫、双附件区的具体情况，比如是否存在卵巢巧克力囊肿，以及囊肿的大小、性质、位置等。
二、影像学检查：
1.阴道和腹部B型超声检查是最为简便易行的诊断手段。其对巧克力囊肿的诊断具有较高的敏感性和特异性，可以清晰地明确囊肿的位置、大小和形态，了解囊内有无乳头，提示是囊性还是实性，以及与周围脏器尤其是与子宫的关系等。
三、血液化验：常见的是检测血清癌抗原125（CA125）和人附睾蛋白4（HE4），不过这两者的特异性和敏感性均有一定局限性，且与多种疾病存在交叉阳性反应，所以不能单纯依靠它们来进行诊断或鉴别诊断。
四、腹腔镜检查：这是目前临床上诊断卵巢巧克力囊肿效果公认最佳的方法，主要是借助腹腔镜对盆腔进行观察，能够精准地找到子宫内膜异位的位置以及病因，并对其进行准确诊断。
总之，通过综合运用这些检查方法，能够较为准确地对巧克力囊肿进行诊断。