舌头肥大的治疗需根据不同病因来定。如果是因为口腔炎症导致舌头肥大，比如细菌感染引起的舌炎，一般需要保持口腔清洁，可用含漱液如0.12%氯己定含漱液漱口，每天2 - 3次，每次含漱1分钟左右，帮助消炎。
因局部炎症导致的治疗
口腔细菌感染性舌炎：除了使用氯己定含漱液，还可以根据病情口服抗生素，像阿莫西林，它是广谱抗生素，能抑制细菌细胞壁合成来杀菌，但对青霉素过敏者禁用。口腔真菌感染性舌炎：可以使用抗真菌药物，如制霉菌素，可局部涂抹在舌头患处，一天3 - 4次，抑制真菌生长。
因全身疾病导致的治疗
甲状腺功能减退引起舌头肥大：需要治疗甲状腺功能减退症，通常要长期服用左甲状腺素钠片，通过补充甲状腺激素来改善全身代谢，一般需要定期复查甲状腺功能，根据结果调整药物剂量。慢性肾炎导致舌头肥大：治疗上要针对慢性肾炎进行综合治疗，包括限制蛋白质摄入，每天蛋白质摄入量控制在0.6 - 0.8g/kg体重，同时使用降压药物，如ACEI类药物，像贝那普利，它能降低血压，保护肾功能，但双侧肾动脉狭窄者禁用。
因先天因素导致的治疗
先天性巨舌症：如果是轻度的先天性巨舌症，不影响功能时可先观察。如果影响咀嚼、说话等功能，可能需要手术治疗，手术时机一般建议在儿童生长发育相对稳定后，比如5 - 10岁左右，但具体要根据患儿的个体情况由医生评估决定。