超级细菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。一般来说，皮肤软组织超级细菌感染可能出现局部红肿、疼痛、发热等症状，感染部位可能有脓性分泌物。例如，皮肤伤口被超级细菌感染后，可能在1-2天内迅速出现红肿加剧，体温可能升高至38℃以上。
呼吸道超级细菌感染症状
咳嗽： 超级细菌引发呼吸道感染时，咳嗽较为常见，可能是干咳，也可能伴有少量痰液。持续时间可能较长，有的患者会持续数天甚至几周。发热： 体温可能会明显升高，可达39℃以上，且发热不易消退，使用一般的退热措施可能效果不佳。部分患者还可能伴有寒战。
泌尿系统超级细菌感染症状
尿频尿急： 患者会频繁产生尿意，排尿时会有急迫感，感觉尿不尽。一般每小时可能需要排尿数次。尿痛： 排尿时尿道会有疼痛感，疼痛程度因人而异，有的较为轻微，有的则较为剧烈，像刀割样疼痛。同时，尿液可能会出现浑浊现象。
血液超级细菌感染症状
全身症状明显： 会出现持续高热，体温波动较大，可能在39.5℃以上。还会伴有乏力、精神萎靡，患者感觉全身虚弱，没有力气进行日常活动。皮肤表现： 部分患者可能会出现皮肤瘀点、瘀斑，这是因为细菌感染影响了凝血功能，导致皮肤出现小的出血点。