超级真菌感染的症状因感染部位不同而有所差异。比如肺部超级真菌感染，患者可能出现发热、咳嗽、咳痰，部分人还会有呼吸困难等表现，发热可能持续数天甚至更久。
肺部超级真菌感染症状
呼吸道症状表现： 早期可能只是轻微咳嗽，随着病情发展，咳嗽会加重，可能咳出黏液痰，若合并细菌感染，痰可能变为脓性。有些患者会感觉呼吸急促，活动后更为明显。全身症状体现： 往往伴有发热，体温可高达38℃以上，而且发热持续时间较长，普通退热措施可能效果不佳。还可能出现乏力、食欲减退等全身不适症状。
泌尿系统超级真菌感染症状
尿路刺激症状： 会出现尿频、尿急、尿痛的情况，尿频表现为排尿次数明显增多，短时间内就要多次排尿；尿急是指有尿意时很难控制，需立即排尿；尿痛则是排尿时尿道有烧灼感或疼痛。尿液变化： 尿液外观可能异常，比如变浑浊，还可能出现血尿，尿液中可看到明显的血色。同时，患者可能会有下腹部疼痛不适的感觉。
皮肤超级真菌感染症状
皮肤表面表现： 感染部位皮肤会出现红斑，红斑边界可能清晰，局部皮肤可能肿胀。还会有皮疹出现，皮疹形态多样，可能是丘疹、水疱等。水疱破裂后可能会有渗出、结痂等情况。局部瘙痒情况： 皮肤超级真菌感染部位往往伴有明显瘙痒，患者会不自觉地搔抓，这可能会导致皮肤破损加重，甚至引发继发感染。
血液超级真菌感染症状
发热情况： 是常见症状之一，多为持续性高热，体温常在39℃以上，而且用一般的抗感染药物治疗效果不明显。全身中毒表现： 患者会出现精神萎靡、意识模糊等情况，还可能有血压下降、心率加快等表现，严重时可能导致感染性休克等严重并发症。