女孩小肠疝气主要是先天性发育因素引起的。在胎儿发育过程中，一般男孩在胚胎时期睾丸会通过腹股沟管下降到阴囊，女孩也有类似的腹膜鞘状突结构，正常情况下出生前会逐渐闭合，如果鞘状突没有闭合，就容易导致小肠等腹腔内容物通过未闭合的鞘状突突出到体表，形成小肠疝气，这种先天性因素导致的情况在新生儿中较为常见，据统计，约有5%的男婴和1%的女婴会在出生时存在这种鞘状突未闭合的情况。
解剖结构因素
女婴自身结构特点：女孩的腹壁肌肉和筋膜发育相对男孩来说可能存在一定差异，尤其是在腹股沟区域，腹壁的强度相对较弱。正常情况下，腹壁的肌肉和筋膜起到封闭腹股沟管等部位防止腹腔内容物突出的作用，但如果女孩本身腹壁肌肉发育不够强壮，筋膜结构存在薄弱环节，就为小肠疝气的形成提供了解剖学上的基础。例如，一些女婴的腹股沟区域筋膜组织相对较薄，无法有效阻挡腹腔内的肠管等组织向外突出。
腹内压增高因素
哭闹等导致腹压升高：女孩如果经常剧烈哭闹，会使腹内压明显升高。当腹内压持续升高时，腹腔内的小肠等器官就容易通过薄弱的部位突出形成疝气。比如，有的女孩可能因为饥饿、身体不适等原因频繁哭闹，长时间的哭闹会使腹内压反复波动升高，增加了小肠疝气发生的风险。一般来说，每天哭闹超过2-3小时以上，就可能对腹壁造成较大压力，增加疝气出现的可能性。便秘引起腹压升高：女孩如果发生便秘，排便时需要用力屏气，这也会导致腹内压急剧升高。长期便秘的女孩，肠道内粪便积聚，每次排便都要使劲，腹腔内压力反复增加，久而久之也会促使小肠等组织从腹壁薄弱处突出，引发小肠疝气。通常，每周排便次数少于3次就可视为便秘，有便秘问题的女孩患小肠疝气的几率相对会更高一些。