肛瘘一般需要通过手术等方式来治疗，目前没有药物能完全根治肛瘘。常见的手术方式有肛瘘切开术、挂线疗法等，一般通过手术治疗后，大部分患者可以康复，手术通常需要在麻醉下进行。
手术治疗方式
肛瘘切开术：适用于低位单纯性肛瘘，是将瘘管全部切开开放，靠肉芽组织生长使伤口愈合。挂线疗法：多用于高位单纯性肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。
术后护理要点
创面清洁：术后要保持肛门局部清洁，每次排便后最好用温水清洗肛门，避免粪便残留引发感染。一般建议每天进行1 - 2次肛门清洗。饮食调整：术后应多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，避免便秘对创面的刺激。同时要避免食用辛辣、刺激性食物，以防加重局部充血。
非手术辅助治疗
坐浴：术后可进行坐浴，常用的有高锰酸钾溶液坐浴，一般水温控制在40 - 45℃，每次坐浴15 - 20分钟，每天可坐浴2 - 3次，有助于促进局部血液循环，减轻炎症，促进创面愈合。抗感染治疗：术后根据情况可能需要使用抗生素来预防感染，医生会根据患者具体情况选择合适的抗生素。
康复时间与预后
一般来说，肛瘘术后的康复时间因手术方式和患者个体差异有所不同，低位肛瘘术后可能2 - 3周左右愈合，高位肛瘘可能需要4 - 6周甚至更长时间。大部分患者经过规范的手术治疗和术后护理可以获得较好的预后，但肛瘘有一定的复发可能，术后要定期复查，若出现异常情况如创面红肿、疼痛加重等要及时就医。