怀孕48天阴道有褐色分泌物，可能是以下原因引起：
1.先兆流产：怀孕48天时，褐色分泌物可能是先兆流产的表现。此外，还可能伴有阵发性下腹部疼痛，或腰背疼痛等症状。如果经过适当休息和治疗后，症状消失，B超检查显示胚胎存活，可继续妊娠。如果症状加重，B超发现胚胎发育不良，hCG持续不升或下降，表明流产不可避免，应终止妊娠。
2.异位妊娠：异位妊娠也称宫外孕，指孕卵在子宫腔外着床发育的异常妊娠过程。以输卵管妊娠最常见。病因常由于输卵管管腔或周围的炎症，引起管腔通畅不佳，阻碍孕卵正常运行，使之在输卵管内停留、着床、发育，导致输卵管妊娠流产或破裂。在流产或破裂前，往往表现为一侧下腹部隐痛或酸胀感。当发生流产或破裂时，患者突感一侧下腹部撕裂样疼痛，常伴有恶心、呕吐。如果怀孕48天时，出现褐色分泌物，并伴有一侧下腹部疼痛，应高度怀疑异位妊娠，及时到医院就诊，进行B超检查和血hCG测定，以明确诊断。
3.葡萄胎：葡萄胎是一种良性滋养细胞疾病，根据停经后阴道流血、子宫大于停经月份、变软，血清HCG水平异常升高等，可作出诊断。B超检查可协助诊断。一旦确诊，应及时清宫。
4.宫颈息肉：宫颈息肉是慢性宫颈炎的一种表现，主要症状为阴道分泌物增多、血性白带或接触性出血。怀孕后，由于激素水平的变化，宫颈息肉可能会增大，导致阴道少量出血，出现褐色分泌物。
5.其他：阴道炎、宫颈炎、前置胎盘、胎盘早剥等也可能导致怀孕48天阴道有褐色分泌物。
总之，怀孕48天阴道有褐色分泌物是一种异常情况，需要及时到医院就诊，进行相关检查，如B超、血hCG测定、妇科检查等，以明确原因，并采取相应的治疗措施。同时，孕妇应注意休息，避免剧烈运动和性生活，保持心情愉快，按时进行产前检查。