手指甲上有黑点可能是由以下原因引起：
一、指甲下出血：手指甲上出现黑点可能源于指甲下出血，这通常和指甲遭受磕碰、挤压等外伤相关。如果没有其他不适表现，一般仅需关注局部的清洁卫生即可。
二、真菌感染：当指甲受到真菌感染时易形成灰指甲，可能会有手指甲上有黑点的情况，通常还伴随指甲凹凸不平、易脱落等症状。患者可在医生指导下外用如盐酸阿莫罗芬乳膏、环吡酮胺乳膏等具有抑菌杀菌作用的药膏进行治疗。
三、营养不良：若患者存在营养不良的状况，身体缺乏维生素A、钙等微量元素，可能致使指甲下毛细血管破裂，进而出现手指甲上有黑点的现象。建议患者适当多进食胡萝卜、柑橘、哈密瓜等富含维生素A、钙的食物，通常能有效缓解该症状。
总结提示：手指甲上有黑点可能是多种原因造成的，分别对这些原因进行了具体分析和应对建议。