怀孕后孕酮低可能由多种原因引起。一般来说，女性黄体功能不全是导致孕酮低的常见原因之一，正常妊娠时，黄体持续存在以维持妊娠，若黄体功能不足，就会使孕酮分泌减少。另外，胚胎发育异常也可能引发孕酮低，据相关统计，约有一定比例的胚胎发育异常情况会伴随孕酮水平偏低。还有些女性是因为甲状腺功能减退等内分泌疾病影响了孕酮的分泌，从而出现孕酮低的状况。
黄体功能方面的因素
卵巢黄体发育不全： 卵巢的黄体负责分泌孕酮，如果黄体本身发育不够完善，就无法产生足够量的孕酮来维持妊娠早期的需求。正常情况下，卵巢黄体在受孕后会持续工作，但要是发育不全，孕酮分泌就会不足。黄体期异常： 黄体期是指排卵后到月经来潮前的这段时间，如果黄体期缩短，也会导致孕酮分泌量减少。正常的黄体期一般在12 - 14天左右，若黄体期小于10天，就很可能出现孕酮低的情况。
胚胎发育相关因素
染色体异常： 当胚胎的染色体出现异常时，会影响胚胎的正常发育，进而影响孕酮的分泌。例如常见的21 - 三体综合征等染色体异常的胚胎，往往会伴随孕酮水平偏低的现象。胚胎质量不佳： 一些质量不好的胚胎，其自身的发育潜能受限，也会使得孕酮分泌异常。比如在受精过程中受到不良因素影响导致胚胎质量差，就可能出现孕酮低的情况。
内分泌疾病影响
甲状腺功能减退： 甲状腺分泌的激素对身体的代谢等多种功能有调节作用，当出现甲状腺功能减退时，会影响到激素的平衡，进而影响孕酮的分泌。甲状腺功能减退的患者体内甲状腺激素水平降低，可能会导致孕酮合成和分泌受到影响，从而出现孕酮低的状况。其他内分泌紊乱： 像肾上腺皮质功能异常等内分泌紊乱的情况，也可能波及孕酮的分泌。肾上腺皮质分泌的一些激素失衡时，会干扰到孕酮的正常生成过程，使得孕酮水平降低。