怀孕孕酮低主要由以下原因造成：一是卵巢功能异常，二是胚胎发育不良，三是肾上腺素功能失调，四是营养缺乏。
一、卵巢功能异常：女性的卵巢功能若出现异常，就会致使分泌的激素减少，进而导致孕酮含量偏低。卵巢作为女性重要的内分泌器官，其功能的正常与否对孕酮水平有着直接影响。当卵巢功能异常时，无法正常分泌足够的孕激素，从而引起孕酮值降低。
二、胚胎发育不良：如果胚胎的发育状况较差，没有实现正常生长，那么也会造成孕酮水平的降低。这种情况下，很有可能会出现停胎现象。胚胎的良好发育与孕酮水平息息相关，发育不良会反馈性地影响孕酮的产生。
三、肾上腺素功能失调：孕妇若出现肾上腺素异常，会使卵巢功能受到影响，出现排卵困难的状况，同时也会导致孕酮降低。肾上腺素功能失调可能干扰卵巢的正常功能，影响其分泌孕酮的能力。
四、营养缺乏：因为孕酮的合成需要较多的脂类物质，如果孕妇在孕期食物摄取量较少，可能就会对孕酮的合成产生影响，导致孕酮低下。合理的营养摄入对于孕酮的合成是十分重要的，缺乏必要的营养物质会阻碍孕酮的正常合成。
怀孕孕酮低需要引起重视，因为这不仅会使胎儿发育变慢，还可能导致孕妇出现流产的症状。所以建议患者及时到医院查明病因并进行治疗。