怀孕早期出现先兆流产的原因有多种。据临床统计，约50% - 60%的先兆流产与胚胎染色体异常有关。
胚胎因素：
染色体异常： 这是早期先兆流产最常见的原因。无论是精子还是卵子在发育过程中染色体发生数目或结构的异常，形成的胚胎就可能存在染色体问题，从而导致胚胎发育不良，引发先兆流产。比如受精卵在分裂过程中染色体发生错误分离等情况，就会影响胚胎正常发育。胚胎自身发育缺陷： 除了染色体异常外，胚胎在发育过程中如果出现其他自身发育方面的缺陷，也可能引发先兆流产。例如胚胎的基因表达异常等，使得胚胎无法正常着床和发育，进而出现阴道流血、腹痛等先兆流产的表现。
母体因素：
内分泌异常： 女性体内的激素水平对维持妊娠至关重要。如果孕妇存在黄体功能不全，会导致孕激素分泌不足，不能很好地支持胚胎发育，从而增加先兆流产的风险。据研究，约有20% - 30%的先兆流产与黄体功能不全有关。另外，甲状腺功能减退、糖尿病血糖控制不佳等内分泌疾病，也会影响胚胎的生长环境，引发先兆流产。全身性疾病： 孕妇如果患有严重的感染性疾病，如高热可使子宫收缩，导致流产；患有严重的贫血、慢性肾炎、心脏病等全身性疾病时，身体的内环境不利于胚胎存活，也容易出现先兆流产。例如孕妇患严重贫血时，身体各器官包括子宫胎盘的供血供氧不足，影响胚胎发育。免疫功能异常： 孕妇自身的免疫功能如果出现异常，比如自身免疫性疾病患者，体内的免疫系统可能会错误地攻击胚胎，导致胚胎受损，引发先兆流产。还有同种免疫异常，母体对胚胎的免疫耐受不足等情况，也可能导致先兆流产的发生。
父亲因素：
精子染色体异常： 男性精子的染色体如果出现异常，如精子染色体数目或结构异常等，与卵子结合形成胚胎后，也容易导致胚胎发育异常，进而引发怀孕早期的先兆流产。虽然男性精子染色体异常导致先兆流产的比例相对胚胎和母体因素来说相对低一些，但也是一个不可忽视的因素。
环境因素：
化学物质接触： 孕妇如果接触了过多的有害化学物质，像苯、甲醛等有毒物质，或者长期处于高辐射环境中，这些不良环境因素可能会影响胚胎的正常发育，增加先兆流产的发生几率。例如长期在新装修且未充分通风的房间居住，接触过多甲醛等化学物质，就可能对胚胎产生不良影响。不良生活习惯： 孕妇如果有吸烟、酗酒等不良生活习惯，烟草中的尼古丁和酒精等成分会通过胎盘影响胚胎，干扰胚胎的正常发育过程，容易引发先兆流产。研究表明，吸烟孕妇发生先兆流产的风险比不吸烟孕妇要高很多。