右侧有卵巢囊肿需要依据具体情况选择合适的处理方式，包括观察、用药、手术等。具体如下：
一、观察。如果囊肿体积较小，并且未引发月经紊乱、腹痛等症状，那么可以先暂时进行观察，按照医生的嘱咐每隔几个月复查一次。
二、用药。要是囊肿较大，不过症状不太严重，暂时没有达到手术的标准，就能够通过用药的方式来进行治疗，比如遵循医嘱服用小金丸等具有活血化瘀通络作用的药物。小金丸主要成分包括麝香、木鳖子、制草乌、枫香脂等，能散结消肿，化瘀止痛，适用于痰气凝滞所致的瘰疬、瘿瘤、乳岩、乳癖等。
三、手术。倘若囊肿较大，其直径超过5厘米，或者因囊肿导致了较为明显的腹痛以及月经紊乱，那就需要进行手术治疗，例如依照医嘱通过腹腔镜来摘除囊肿。
总之，对于右侧卵巢囊肿的处理，要综合考虑囊肿大小、症状表现等因素，选择最适宜的处理方法，同时要密切关注病情变化，遵医嘱进行相应的治疗和复查。