松果体囊肿较为常见，多数体积较小的松果体囊肿可能长期无明显症状，对人体影响不大。但部分较大的松果体囊肿可能产生一些影响。
对神经系统的影响
压迫周围结构： 如果松果体囊肿较大，可能会压迫周围的神经组织，比如压迫中脑导水管，可能导致脑脊液循环受阻，引起梗阻性脑积水，出现头痛、呕吐等颅内压增高的症状，有研究显示约10% - 15%的较大松果体囊肿患者会出现脑积水相关表现。引发内分泌紊乱： 松果体参与人体的内分泌调节，囊肿可能影响其正常功能，导致激素分泌异常，比如可能影响褪黑素的分泌，而褪黑素与睡眠 - 觉醒周期等有关，可能引起睡眠障碍等问题。
对眼部的影响
导致视力改变： 当松果体囊肿引起颅内压升高时，可能影响视神经，导致视力下降、视野缺损等。有临床观察发现，约5% - 8%的松果体囊肿患者会出现不同程度的视力相关异常，如视物模糊、视野范围缩小等。引起眼球运动障碍： 囊肿对周围神经的压迫还可能影响眼球的运动神经，导致眼球运动受限，出现复视等情况。
对身体其他系统的影响
影响生长发育（儿童患者）： 对于儿童患者，若松果体囊肿导致内分泌紊乱，可能影响生长激素等的正常分泌，从而影响身体的生长发育，比如身高增长缓慢等。导致头晕乏力： 由于颅内压异常等原因，患者可能经常感到头晕、乏力，影响日常生活和工作，大约有20%左右的患者会出现不同程度的头晕乏力症状。