松果体囊肿可能带来多方面危害。一般来说，多数松果体囊肿较小且无症状，但部分较大的或有特殊情况的囊肿可能引发问题。
对神经系统的影响
压迫周围组织： 当松果体囊肿增大到一定程度时，可能会压迫周围的神经组织。比如可能压迫中脑导水管，导致脑脊液循环受阻，进而引起梗阻性脑积水。据相关研究，约有10%左右的较大松果体囊肿患者会出现脑积水相关症状，如头痛、呕吐等。内分泌紊乱相关表现： 松果体参与人体内分泌调节，囊肿可能影响其正常功能，导致内分泌紊乱。部分患者可能出现性早熟现象，尤其是儿童患者，因为松果体有抑制性腺发育的作用，囊肿破坏其功能后，性腺过早发育。
引发眼部症状
视力视野改变： 由于囊肿对周围神经结构的影响，可能波及视神经等相关结构，从而导致视力下降。同时，还可能出现视野缺损，比如视野范围缩小等情况。有临床案例显示，约15%的松果体囊肿患者会出现不同程度的视力视野异常。
导致颅内压升高相关表现
头痛持续存在： 颅内压升高是松果体囊肿可能带来的危害之一，患者会出现持续性的头痛，这种头痛往往比较剧烈，且在晨起时可能更为明显。部分患者还可能伴有恶心、呕吐等症状，当改变体位时，头痛等症状可能会有变化。精神状态改变： 颅内压升高还可能影响患者的精神状态，出现精神萎靡、嗜睡等情况，严重的可能会导致意识障碍。