消化不良可以选择的药物有多种，比如促胃肠动力药多潘立酮，一般能在一定程度上缓解消化不良症状。
促胃肠动力药：
多潘立酮： 它可以促进胃肠道的蠕动，加快胃排空，从而缓解消化不良引起的腹胀、早饱等症状。不过，孕妇、哺乳期妇女要慎用。莫沙必利： 同样是促胃肠动力药，能促进乙酰胆碱的释放，增强胃肠道蠕动，改善消化不良相关症状。一般来说，它的不良反应相对较少，但也有个别患者可能会出现腹泻等情况。
助消化药：
健胃消食片： 由太子参、陈皮、山药、麦芽（炒）、山楂等组成，能起到健胃消食的作用，适用于脾胃虚弱所致的食积，症见不思饮食、嗳腐酸臭、脘腹胀满等消化不良情况。儿童服用时要注意按照规定剂量，比如3岁以上儿童一次可以吃2 - 3片，一日3次。乳酶生： 是活肠球菌的干燥制剂，在肠内分解糖类生成乳酸，使肠内酸度增高，从而抑制腐败菌的生长繁殖，并防止肠内发酵，减少产气，因而有促进消化和止泻作用，可用于消化不良、腹胀及小儿饮食失调所引起的腹泻、绿便等。
抑酸剂：
奥美拉唑： 属于质子泵抑制剂，能抑制胃酸分泌，对于因胃酸分泌过多导致的消化不良有一定缓解作用。比如，它可以用于治疗胃溃疡、十二指肠溃疡等疾病引起的消化不良相关症状，但长期使用可能会有一些潜在风险，像可能影响维生素B12的吸收等，所以不建议长期大剂量使用。雷尼替丁： 是H2受体拮抗剂，能抑制基础胃酸及刺激引起的胃酸分泌，也可用于缓解消化不良中因胃酸过多导致的不适，但孕妇及哺乳期妇女禁用，8岁以下儿童也不宜使用。