龟头炎的治疗药物选择需根据病因来定，一般细菌感染引起的龟头炎，可选用莫匹罗星软膏等，通常用药后数天内可能会有改善。
细菌感染性龟头炎用药
局部外用抗生素：如果是细菌感染导致的龟头炎，常用莫匹罗星软膏，它能抑制细菌生长繁殖。还有夫西地酸乳膏，对多种细菌有抗菌活性，可涂抹在患处。清洗消毒：可以用碘伏溶液进行局部清洗消毒，能杀灭细菌，保持龟头局部清洁，每天可清洗1 - 2次。
真菌感染性龟头炎用药
抗真菌药膏：念珠菌感染引起的龟头炎，常用克霉唑乳膏，它能抑制真菌细胞膜的合成，发挥抗真菌作用。还有酮康唑乳膏，也可用于治疗真菌感染性龟头炎，一般需要连续使用数天。碱性溶液清洗：可以用碳酸氢钠溶液（2% - 4%）清洗龟头，因为真菌在碱性环境下不利于生长，能辅助治疗。
滴虫感染性龟头炎用药
硝基咪唑类药物：如果是滴虫感染引起的龟头炎，可使用甲硝唑凝胶局部涂抹，能针对滴虫发挥作用。同时，性伴侣也需要同时检查治疗，避免交叉感染。
过敏因素导致的龟头炎用药
糖皮质激素类药膏：如果是过敏因素引起的龟头炎，短期外用弱效的糖皮质激素药膏，如氢化可的松乳膏，能减轻过敏炎症反应，但使用时间不宜过长，一般不超过1周。抗组胺药物：口服抗组胺药物，如氯雷他定，能缓解过敏引起的瘙痒等症状，可在医生指导下服用。但要注意，儿童使用抗组胺药物需谨慎，应根据年龄和体重调整剂量。