龟头炎的治疗药物选择需根据病因来定，一般细菌感染引起的龟头炎，可选用莫匹罗星软膏等抗生素类药物，通常规范用药后能较快改善症状。
细菌性龟头炎用药
抗生素药膏： 莫匹罗星软膏是常用的针对细菌感染性龟头炎的外用药，它能抑制细菌蛋白质合成，从而发挥抗菌作用。高锰酸钾溶液清洗： 可用1:5000的高锰酸钾溶液进行局部清洗，能起到一定的杀菌、清洁创面的作用，但要注意浓度，避免刺激皮肤。
念珠菌性龟头炎用药
抗真菌药膏： 克霉唑乳膏适用于念珠菌感染引起的龟头炎，它可抑制真菌细胞膜的合成，影响其代谢过程。碳酸氢钠溶液清洗： 用2%-4%的碳酸氢钠溶液清洗患处，能改变局部酸碱度，不利于念珠菌生长。
滴虫性龟头炎用药
硝基咪唑类药物： 甲硝唑是治疗滴虫性龟头炎的常用药物，它能干扰滴虫的氧化还原反应，起到杀灭滴虫的作用。但要注意，孕妇及哺乳期妇女需谨慎使用，应在医生指导下权衡利弊后用药。
一般注意事项
在用药治疗龟头炎期间，要保持局部清洁卫生，避免性生活，防止交叉感染。同时，要注意观察用药后的反应，如果用药后症状没有改善甚至加重，应及时就医调整治疗方案。另外，不同病因导致的龟头炎用药有差异，所以一定要先明确病因再针对性用药，切勿自行盲目用药。