慢性肾功能衰竭的治疗药物需根据病情阶段等情况选择，常用的有肾素 - 血管紧张素系统抑制剂，这类药物可延缓肾功能恶化，比如血管紧张素转换酶抑制剂（ACEI）和血管紧张素Ⅱ受体拮抗剂（ARB），它们能通过降低肾小球内压等发挥作用。
纠正贫血的药物
促红细胞生成素： 慢性肾功能衰竭常伴有贫血，促红细胞生成素可刺激骨髓造血，一般需要定期皮下或静脉注射来维持血红蛋白水平。通常血红蛋白低于100 - 110g/L时可考虑使用。铁剂： 常配合促红细胞生成素使用，以纠正缺铁状态。常见的有多糖铁复合物等，口服铁剂可能会有胃肠道不适，静脉铁剂适用于口服不耐受或吸收不良的患者。
调节钙磷代谢的药物
活性维生素D及其类似物： 慢性肾功能衰竭时，肾脏活化维生素D的能力下降，导致钙磷代谢紊乱。骨化三醇是常用的活性维生素D，可促进肠道对钙的吸收，调节甲状旁腺功能。一般需要监测血钙、血磷水平来调整剂量。磷结合剂： 用于降低血磷水平，如碳酸钙，可在进食时服用，与食物中的磷结合，减少磷的吸收。但要注意避免高钙血症的发生，使用时需定期监测血钙、血磷。
控制血压的药物
钙通道阻滞剂： 如氨氯地平，可通过阻滞钙离子进入血管平滑肌细胞，扩张血管，降低血压。对肾功能影响较小，适用于大部分慢性肾功能衰竭合并高血压的患者，但要注意可能引起下肢水肿等不良反应。β受体阻滞剂： 像美托洛尔，可通过减慢心率、降低心输出量来降低血压，对于合并冠心病、心律失常等情况的慢性肾功能衰竭患者可能更适用，但严重心动过缓、支气管哮喘患者禁用。