肛窦炎主要症状表现为肛门局部的坠胀不适，一般病程可能持续数天到数周不等。
局部疼痛表现
肛门坠胀疼痛： 患者会感觉肛门内有坠胀感，并且可能伴有疼痛，这种疼痛有时为隐痛，有时可能较为明显，在排便时可能会加重。比如有的患者会描述排便前肛门坠胀感明显，排便时疼痛稍有加剧。刺痛感： 当炎症刺激肛窦周围组织时，还可能出现刺痛，尤其在受到粪便等刺激时，这种刺痛感会更明显。
排便相关症状
便意频繁： 由于肛窦受到炎症刺激，会频繁产生便意，但是每次排便量不多。有的患者可能一小时内会有3 - 5次想要排便的感觉，但真正排便时只有少量粪便排出。粪便异常： 部分患者排便时粪便表面可能带有少量黏液，这是因为炎症刺激肛窦，导致腺体分泌增多，黏液随之排出。严重时可能还会出现少量脓血便，不过这种情况相对较少见。
局部体征表现
肛门指检异常： 医生进行肛门指检时，可发现肛窦部位有压痛，有时能摸到变硬的肛窦，或者可触及凹陷的肛窦内有分泌物。比如在指检时，能感觉到肛窦处组织较硬，按压有明显疼痛反应。肛门外观变化： 一般肛门外观可能无明显红肿等大的变化，但有时炎症较重时，可见肛窦周围黏膜稍有充血，不过这种充血往往比较轻微，需要仔细观察才能发现。