怀孕49天看不到孕囊，可能是以下原因导致：
1.生理因素：
受精卵着床晚：可能是由于受精卵着床时间较晚，孕囊还未发育到可以被超声检测到的大小。
月经不规律：如果女性的月经周期不规律，排卵时间也会相应推迟，导致受孕时间较晚，孕囊出现的时间也会延迟。
2.病理因素：
宫外孕：受精卵在子宫以外的部位着床，如输卵管、卵巢等，这种情况下孕囊无法在子宫内正常发育，B超检查可能看不到孕囊。
胎停育：孕囊发育到一定阶段后停止发育，B超检查时孕囊内无胎芽、胎心搏动或孕囊形态不规则。
其他：如子宫畸形、子宫肌瘤、子宫内膜息肉等，也可能影响孕囊的正常发育和着床。
如果怀孕49天看不到孕囊，医生可能会采取以下措施：
1.复查B超：医生会建议在一周后再次进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.检测血HCG和孕酮：通过检测血液中的HCG和孕酮水平，结合B超结果，综合判断孕囊的发育情况。
3.其他检查：如果医生怀疑有宫外孕或其他病理情况，可能会进一步进行血β-HCG翻倍试验、阴道后穹窿穿刺、腹腔镜检查等，以明确诊断。
需要注意的是，每个人的情况不同，诊断和治疗方案也会有所差异。在面对这种情况时，建议及时就医，遵循医生的建议进行进一步检查和治疗。同时，保持良好的心态，注意休息和营养，有助于孕囊的正常发育。