怀孕49天B超看不见孕囊，可能是受孕时间较短、宫外孕、胎停育或其他原因导致。可以等待复查、检测血HCG和孕酮，进一步检查，明确诊断后及时治疗。
怀孕49天B超看不见孕囊，可能是以下原因导致的：
1.受孕时间较短：受精卵可能还没有到达子宫，或者孕囊还太小，B超无法检测到。
2.宫外孕：孕囊可能没有在子宫内着床，而是在输卵管、卵巢等其他部位，这种情况非常危险，需要及时就医。
3.胎停育：孕囊已经停止发育，但还没有自然排出，需要进行清宫手术。
4.其他：如子宫畸形、子宫肌瘤等，也可能影响孕囊的发育和着床。
针对以上情况，可以采取以下措施：
1.等待复查：如果受孕时间较短，可以等待一周左右再进行B超检查，以确定孕囊的位置和发育情况。
2.进行血HCG和孕酮检测：这可以帮助医生了解孕囊的发育情况，如果HCG翻倍良好，说明孕囊发育正常；如果HCG增长缓慢或下降，可能存在胎停育的风险。
3.进一步检查：如果B超检查仍不能确定孕囊的位置和发育情况，可能需要进行阴超、腹腔镜等进一步检查，以明确诊断。
4.及时治疗：如果确诊为宫外孕或胎停育，需要及时进行治疗，以免对孕妇的身体造成更大的伤害。
总之，怀孕49天B超看不见孕囊需要引起重视，及时就医，进行相关检查和治疗，以确保孕妇和胎儿的健康。