会厌囊肿的治疗方式需根据囊肿大小、症状等情况来定。一般较小且无症状的会厌囊肿可先观察，而较大或有症状的多需手术治疗。
观察等待情况
如果会厌囊肿比较小，直径在1厘米以内，而且患者没有任何不适症状，比如没有咽喉部异物感、吞咽困难、呼吸困难等表现，那可以选择观察等待。但要定期去医院复查喉镜，观察囊肿的变化情况，一般建议3 - 6个月复查一次喉镜，看看囊肿有没有增大等情况。
手术治疗情况
支撑喉镜下囊肿切除术
- 适用情况：当会厌囊肿较大，直径超过1厘米，或者已经引起明显症状，像咽喉部异物感明显，影响吞咽甚至呼吸时，就需要考虑手术治疗。手术一般在支撑喉镜下进行，医生通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用器械将囊肿切除。这种手术是比较常用的治疗方法，术后恢复一般需要1 - 2周左右。
- 术后注意事项：术后要注意口腔卫生，经常用淡盐水漱口，防止口腔感染。饮食上要吃温凉的软食，避免吃辛辣、刺激性食物以及过硬的食物，以免刺激手术部位。
激光辅助会厌囊肿切除术
- 优势：激光手术相对来说创伤可能更小一些。利用激光的能量将囊肿组织去除，手术过程中出血相对较少。不过术后护理和支撑喉镜下囊肿切除术类似，也需要注意口腔卫生和饮食等方面。激光手术适用于各种大小的会厌囊肿，尤其是对于一些位置较特殊的囊肿，激光操作可能更精准。
保守治疗的局限性
一般来说，会厌囊肿通过药物保守治疗效果不佳。因为药物很难使囊肿缩小或消失，所以不建议单纯依靠药物来治疗会厌囊肿。不过如果囊肿继发感染，出现局部红肿、疼痛等炎症表现时，可以短期使用抗生素来控制感染，但这只是辅助治疗，不能从根本上解决会厌囊肿的问题，还是需要考虑手术等进一步治疗。