会厌囊肿治疗方法需根据具体情况而定，较小的无症状会厌囊肿可能观察随访，而较大或有症状的多需手术治疗。一般来说，手术治疗是比较有效的方式。
手术治疗为主
支撑喉镜下会厌囊肿切除术： 这是常用的手术方式。通过支撑喉镜暴露会厌囊肿，然后用器械将囊肿完整切除。手术在全麻下进行，患者不会感到疼痛。一般术后恢复较快，多数患者1周左右基本能恢复正常饮食等日常活动。激光辅助会厌囊肿切除术： 利用激光的能量将囊肿组织去除，优点是手术创伤相对较小，出血少，术后恢复可能更快一些。但具体选择哪种手术方式，医生会根据囊肿的大小、位置等情况来决定。
观察随访情况
小而无症状的会厌囊肿： 如果会厌囊肿比较小，而且患者没有任何不适症状，比如没有咽喉部异物感、吞咽困难等情况，医生可能会建议定期观察随访。一般每隔3 - 6个月做一次喉镜检查，观察囊肿是否有变化。如果在观察期间囊肿没有增大，也没有引起不适症状，可以继续观察。儿童会厌囊肿特殊情况： 对于儿童的会厌囊肿，如果是较小且无症状的，也要密切观察。因为儿童的喉部解剖结构和生理功能与成人有差异，需要更谨慎地评估囊肿的变化情况。
术后注意事项
饮食方面： 术后短期内要注意饮食。一般术后1 - 2天建议吃温凉的流质或半流质食物，像米粥、藕粉等。避免吃辛辣、刺激性食物以及过热、过硬的食物，防止刺激手术部位，影响恢复。通常术后1周左右可以逐渐过渡到正常饮食，但仍要注意清淡。口腔卫生： 要保持口腔清洁，每天可以用淡盐水漱口，尤其是进食后及时漱口，这样可以减少口腔内细菌滋生，预防伤口感染，促进手术部位的愈合。
会厌囊肿的成因
先天性因素： 会厌先天性发育畸形，导致黏液腺管受阻，分泌物潴留形成囊肿。这种情况从胚胎发育时期就可能存在一定的因素影响。后天性因素： 慢性炎症刺激是比较常见的后天因素。比如长期的咽喉部炎症，像慢性咽炎等，炎症反复刺激会厌部的黏液腺，使腺管阻塞，进而形成囊肿。另外，创伤也可能引起会厌囊肿，比如喉部受到外力撞击等，导致会厌部的黏膜腺管受损，分泌物排出不畅而形成囊肿。