灵芝的副作用包括引起胃肠道不适、干燥症状、过敏等，其禁忌症有外感病症、实证、手术前后或有出血倾向、过敏体质等。
一、灵芝的副作用
1.虽然灵芝对心脏、肝脏、肾脏等重要脏器未发现明显毒副作用，但少数患者在用药过程中会出现不适症状。如可能有胃肠道不适，表现为反酸、胃部胀满、腹胀等；还可能出现大便干燥、口干舌燥、口苦、口唇起疱等，这些症状通常较为轻微，多数可自行消退。
2.在应用灵芝注射剂型时，较常见的是过敏反应，一般注射20至30分钟后，可能出现荨麻疹、心慌气短、胸闷、喉头水肿、呼吸困难、腹痛、胃痛、呕吐等，严重者甚至会出现过敏性休克。
二、灵芝的禁忌
1.实证：身体不虚，体内有热毒、寒邪或有痰湿、湿热等情况者，不适合服用灵芝。
2.感冒期间：在感冒初期需要发散外邪，此时服用灵芝可能阻碍外邪宣泄，导致感冒病情加重。
3.手术前后以及大出血或有出血风险的患者：灵芝有较强的抑制血小板聚集作用，可能引发出血事件或增加出血风险。
4.过敏体质：过敏体质者应尽量避免服用灵芝，以防出现严重过敏反应。
此外，服用灵芝时间一般不宜超过3个月，且服用时要避免与松花蛋、辣椒、柠檬等同时食用。总之，灵芝虽有补益身体的功效，但也存在副作用和禁忌症，并非人人适合服用。若不确定自身是否适合，可咨询中医，由中医师判断是否适合服用灵芝。