灵芝一般副作用较少，但部分人可能出现胃肠道不适、过敏等情况，且存在一些禁忌人群和情况需注意。
胃肠道不适风险
少数人服用灵芝后可能出现恶心、呕吐、腹痛、腹泻等胃肠道不适症状，这可能与个体对灵芝成分的耐受性差异有关，尤其是本身胃肠道功能较弱者更易发生。
过敏反应可能
有过敏体质者服用灵芝后可能引发过敏反应，如皮肤瘙痒、红斑、皮疹，严重时可能出现呼吸困难等症状，这是因为个体免疫系统对灵芝中的某些成分产生异常免疫应答。
特殊人群禁忌
- 孕妇：孕妇属于特殊群体，目前虽无明确大规模研究表明灵芝对孕妇绝对安全，但为避免潜在风险，一般不建议孕妇服用灵芝。
- 手术前后患者：手术前后患者身体处于特殊状态，服用灵芝可能影响手术创口愈合或干扰麻醉及术后用药等，所以手术前后一段时间内应避免服用灵芝。
- 正在服用其他药物者：灵芝可能与某些药物发生相互作用，影响药效或增加不良反应风险，如正在服用抗凝药的人，灵芝可能增强抗凝作用，导致出血倾向增加等。