先心病的发生是多种因素共同作用的结果。目前研究发现，大约有2%的新生儿会患有先天性心脏病，其引起原因主要有以下几方面：
遗传因素相关
染色体异常： 某些染色体的数目或结构异常与先心病密切相关。比如21 - 三体综合征（唐氏综合征）患儿，约50%合并有先心病，常见的有室间隔缺损等。单基因遗传： 一些单一基因的突变也可能导致先心病。例如，编码心钠素的基因发生突变，可能会影响心脏的正常发育，增加先心病的发生风险。
环境因素影响
孕妇感染： 怀孕早期（尤其是前3个月），孕妇若感染风疹病毒，胎儿患先心病的概率会明显增加。据统计，孕妇在妊娠早期感染风疹，胎儿先心病发生率可高达50%左右。另外，孕妇感染柯萨奇病毒等，也可能对胎儿心脏发育产生不良影响。药物因素： 孕妇在孕期服用某些药物也可能引发先心病。比如孕妇服用抗肿瘤药物、抗癫痫药物等，这些药物可能干扰胎儿心脏的正常发育过程，导致心脏结构出现异常。
其他相关因素
孕妇接触有害物质： 孕妇长期接触放射性物质，像在放射科工作未做好防护，或者生活在放射性污染区域等，会增加胎儿患先心病的风险。还有孕妇长期处于高污染环境中，吸入过多的有害气体，如甲醛等，也可能影响胎儿心脏发育。孕期不良生活习惯： 孕妇孕期大量吸烟、酗酒，烟草中的尼古丁和酒精都会对胎儿心脏发育产生毒害作用。有研究表明，孕妇每天吸烟超过10支，胎儿发生先心病的几率比不吸烟孕妇要高2倍左右；孕妇酗酒的话，胎儿患先心病的风险也会显著增加。