巧克力囊肿患者有怀孕的可能。巧克力囊肿是指异位的子宫内膜在卵巢内生长，随月经周期出血而形成有陈旧性积血的囊肿。其虽会影响卵巢功能致卵子不能正常排出，但仍有怀孕可能。具体如下：
一、若女性为单侧卵巢囊肿，另一侧卵巢功能正常，或双侧卵巢巧克力囊肿严重程度较轻、体积较小，男女双方可尝试自然受孕。在排出的卵子正常且精子质量佳的情况下，有怀孕机会。
1.单侧卵巢囊肿且另一侧功能正常：这种情况下，未受影响的一侧卵巢仍能正常排卵和发挥功能。
2.双侧巧克力囊肿较轻小：即使双侧都有囊肿，但不太严重且体积较小时，也可能有一定的受孕机会。
二、若女性双侧卵巢囊肿严重且体积较大，则难以自然受孕，需在医师指导下先治疗。可使用醋酸甲羟孕酮、炔诺酮片、米非司酮等药物，或通过手术进行异位内膜病灶剥除。经规范治疗后，也有怀孕可能。
1.药物治疗：如醋酸甲羟孕酮等可调节体内激素水平。
2.手术治疗：剥除异位内膜病灶可改善情况。
总之，巧克力囊肿患者的怀孕情况需根据具体病情判断，通过合适的治疗方法，可提高怀孕的几率。