龟头上有小水泡可能由非感染性原因、生殖器疱疹、龟头炎等引起，可在医生指导下用药治疗。
一、非感染性原因：如性生活时过于粗暴、用力摩擦以及局部清洁欠佳等，会导致龟头上出现小水泡，通常疼痛不明显且可自行缓解。
二、生殖器疱疹：这是由单纯疱疹病毒引发的一种性传播疾病，会有龟头上、阴部或肛周出现小水泡，同时伴有发烧、疼痛、头痛、疲劳等症状。治疗上，可在医生指导下使用以下药物：
1.盐酸伐昔洛韦片。
2.阿昔洛韦片。
3.泛昔洛韦片。
三、龟头炎：也往往会使龟头上出现小水泡，甚至有糜烂、渗出和出血现象。可在医生指导下应用如下药物：
1.盐酸左氧氟沙星胶囊。
2.氟康唑胶囊。
3.伊曲康唑胶囊。
建议治疗期间每天认真清洗生殖器，勤换内裤，避免剧烈运动，多休息，不要长时间熬夜，防止过度劳累。
总之，当龟头上出现小水泡时，要及时就医明确原因，并根据具体情况进行针对性治疗，同时注意做好日常护理。