肛瘘的治疗主要以手术为主，一般确诊后通常建议尽早手术。例如低位单纯性肛瘘，通过手术治疗治愈率较高。
手术治疗方式
瘘管切开术：适用于低位肛瘘，手术将瘘管全部切开，靠肉芽组织生长使伤口愈合。这种手术相对简单，术后恢复一般需要2-4周左右。挂线疗法：多用于高位肛瘘，利用橡皮筋或有腐蚀作用的药线的机械性压迫作用，缓慢切开肛瘘。挂线疗法痛苦相对较小，术后需定期紧线，一般需要1-2周紧一次线，整个治疗周期可能需要1-2个月。
非手术治疗情况
药物辅助：在手术前后可使用抗生素控制感染，如口服头孢类抗生素等，但药物治疗不能彻底治愈肛瘘，只能起到暂时缓解症状的作用。一般口服抗生素疗程通常为3-5天，但具体要根据病情由医生决定。坐浴：可以用1:5000高锰酸钾溶液坐浴，每天1-2次，每次15-20分钟，能清洁肛门局部，促进血液循环，减轻炎症。
术后注意事项
饮食方面：术后要多吃富含膳食纤维的食物，如蔬菜、水果等，保持大便通畅，每天保证1-2次规律排便。避免吃辛辣、油腻等刺激性食物，以防刺激伤口。伤口护理：要注意保持肛门伤口清洁，按时换药，观察伤口愈合情况。如果发现伤口有红肿、渗液等异常情况，要及时告知医生处理。