四联疗法治疗幽门螺杆菌的副作用可依药物类型判别。该疗法通常采用2种抗生素药物、1种质子泵抑制剂、1种铋剂这4种药物联合进行治疗。
一、质子泵抑制剂。如奥美拉唑、雷贝拉唑等质子泵抑制剂，其副作用包含头痛、头晕、嗜睡、恶心等症状，不过一般较为轻微，通常可自行恢复。
二、铋剂。像枸橼酸铋钾、胶体果胶铋等铋剂，其副作用主要是服药后舌头会变黑，大便呈黑褐色，这一般对人体无危害，无需特殊处理，且停药一段时间后就会恢复正常。
三、抗生素药物。主要有阿莫西林等青霉素类药物，克拉霉素、罗红霉素等大环内酯类抗生素，以及左氧氟沙星、环丙沙星等喹诺酮类。抗生素的副作用有腹痛、恶心、呕吐、腹泻等症状，患者停药后通常能恢复正常，患者也可能出现皮疹、红肿、瘙痒等过敏反应，此时需更换药物进行治疗。
总之，四联疗法中不同药物有不同的副作用表现，在使用过程中需密切关注，如有异常应及时处理。