灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来处理。比如外用抗真菌药物是常见的方法之一，像30%冰醋酸溶液就可用于局部涂抹，但通常需要较长时间坚持使用，可能需数月才能看到明显效果。
外用药物治疗
局部擦药：常用的有阿莫罗芬搽剂，它能通过抑制真菌细胞膜的合成来发挥抗真菌作用，每周使用1 - 2次即可，但要注意涂抹范围需超出病甲周围皮肤，坚持使用数月才有较好效果。复方酮康唑软膏：含有抗真菌成分，可抑制真菌生长，不过使用时要避免接触眼睛和口腔等黏膜部位。
口服药物治疗
伊曲康唑：是一种口服抗真菌药，采用冲击疗法，即服用1周停药3周为一个疗程，一般需要2 - 3个疗程。它能作用于真菌细胞的麦角固醇合成，干扰真菌细胞壁的合成。不过服用伊曲康唑前需要检查肝功能，因为可能会对肝脏有一定影响。特比萘芬：也是口服抗真菌药，每天服用一次，一般手指甲癣需要服用6 - 8周，脚趾甲癣需要服用12 - 16周。它主要是抑制真菌角鲨烯环氧化酶，从而影响真菌细胞膜的合成。但同样，肝功能不全者要慎用。
手术治疗
拔甲术：过去较常用，是将病甲拔除，但这种方法痛苦较大，而且术后恢复需要一定时间，并且新长出来的指甲仍有复发灰指甲的可能。激光治疗：利用特定波长的激光照射病甲部位，破坏真菌的生存环境，达到治疗灰指甲的目的。一般需要多次治疗，每次治疗时间较短，相对拔甲术痛苦较小，但费用可能相对较高。同时，激光治疗后要注意保持病甲部位的清洁卫生，避免再次感染真菌。