灰指甲的治疗方法有多种，一般可以通过外用药物、口服药物以及手术等方式来改善。通常外用抗真菌药物治疗轻度灰指甲有一定效果，比如阿莫罗芬搽剂，每周使用1 - 2次，坚持使用数月可能见效。
外用药物治疗
阿莫罗芬搽剂：它是局部外用抗真菌药，能抑制真菌细胞膜麦角固醇的合成，从而发挥抗真菌作用。使用时要先清洁病甲，然后将搽剂均匀涂抹在病甲上，一般每周使用1 - 2次。环吡酮胺乳膏：这种乳膏也可用于灰指甲的外用治疗，它能改变真菌细胞膜的完整性，影响真菌的代谢过程。使用时需薄涂于患处并轻轻搓揉，每天使用1 - 2次。
口服药物治疗
伊曲康唑：它是一种合成的三氮唑类抗真菌药，能高度选择性地抑制真菌细胞色素P450 - 14α - 去甲基酶，从而抑制真菌细胞膜上麦角固醇的合成，发挥抗真菌作用。一般采用冲击疗法，即连续服用1周，停药3周为一个疗程，需要多个疗程治疗。特比萘芬：它是一种烯丙胺类抗真菌药物，能特异性地抑制真菌角鲨烯环氧化酶，阻碍真菌细胞膜角鲨烯环氧化反应，影响真菌固醇的合成，达到杀菌和抑菌的作用。通常每天服用一次，连续服用数周，具体疗程根据病情而定。
手术治疗
病甲清除术：对于病情较严重的灰指甲，可先使用外科手术方法将病甲拔除。不过术后要注意保持局部清洁卫生，避免感染，而且新长出的指甲可能需要较长时间才能恢复正常，一般需要数月时间。在恢复期间要定期换药，观察甲床恢复情况。