茎突过长综合征主要表现为咽部异物感等症状，约有40%左右的患者会出现咽部异物感，仿佛有东西卡在喉咙里。
咽部相关症状
咽部异物感： 这是比较常见的症状，患者常常感觉咽部有持续的异物感，就像有东西 sticking（卡）在那里，吞咽时可能会比较明显，但又难以准确说出具体的位置。有的患者还可能伴有刺痛感，疼痛程度因人而异，一般在吞咽、转头或仰头时可能会加重。吞咽不适： 患者在吞咽食物时会有不适感，轻者可能只是觉得吞咽稍有不顺，重者可能会影响进食，导致进食时疼痛加剧或者吞咽困难。部分患者还可能出现咽部梗阻感，总觉得咽部有东西堵住，影响正常的吞咽动作。
颈部相关症状
颈部疼痛： 茎突过长可能会刺激周围组织，引起颈部疼痛，疼痛部位多在颈部一侧，可放射至耳部等部位。疼痛性质多样，有的是隐痛，有的是刺痛，长时间低头或颈部活动时，疼痛可能会加重。例如，长时间伏案工作后，颈部疼痛会明显感觉更厉害。颈部活动受限： 由于茎突过长带来的不适，患者颈部活动可能会受到一定限制，比如转头时会感觉不灵活，颈部向某些方向转动时会引发疼痛，从而不敢大幅度转动颈部。
耳部相关症状
耳部疼痛： 茎突过长综合征可能会引起耳部疼痛，疼痛可放射至耳部，表现为耳内隐痛、刺痛等。疼痛程度不一，有的患者可能只是偶尔感觉耳部不适，有的则疼痛较为明显，影响日常生活。耳鸣、听力下降： 部分患者可能会出现耳鸣症状，表现为耳内有嗡嗡声等异常声音，同时可能伴有不同程度的听力下降，这是因为茎突过长影响了耳部周围的神经和血管等结构，进而影响了耳部的正常功能。