慢性肠炎的用药需根据具体病情来定，一般常用药物有抗生素类、止泻类、调节肠道菌群类等。比如对于细菌感染引起的慢性肠炎，可能会用到抗生素。但具体用药要遵医嘱。
抗生素类药物
细菌感染引发的慢性肠炎可用： 如果是细菌感染导致的慢性肠炎，常用的有诺氟沙星等喹诺酮类抗生素，但需要注意18岁以下青少年禁用诺氟沙星，因为可能影响软骨发育。该类药物通过抑制细菌DNA旋转酶，阻碍细菌DNA复制，从而发挥杀菌作用。
止泻类药物
缓解腹泻症状的药物： 像蒙脱石散就可用于慢性肠炎引起的腹泻。它能在肠道内形成一层保护膜，吸附肠道内的病菌和毒素，一般成人每次服用1袋（3克），用50毫升温开水溶解后服用，一天3次。不过，如果是感染性腹泻，不能仅靠蒙脱石散止泻，还需配合抗生素等治疗。
调节肠道菌群类药物
调整肠道菌群平衡的药物： 双歧杆菌四联活菌片是常用的调节肠道菌群药物，它含有双歧杆菌、嗜酸乳杆菌等有益菌。这些有益菌能定植在肠道内，抑制有害菌的生长繁殖，改善肠道微生态环境。一般成人一次2 - 3片，一天3次，用温开水送服。但要注意，不能与抗生素同时服用，以免影响药效，需间隔2 - 3小时。
其他药物
针对肠道炎症的药物： 柳氮磺吡啶可用于治疗炎症性肠病相关的慢性肠炎。它在肠道内分解为磺胺吡啶和5 - 氨基水杨酸，5 - 氨基水杨酸能抑制前列腺素合成，减轻肠道炎症反应。不过，使用该药物可能会出现恶心、呕吐等不良反应，用药期间要定期监测血常规、肝肾功能等。